月经干净三天，同房后有咖啡色白带排出，可能是妇科感染、子宫肌瘤、宫颈癌等情况引起的。建议及时检查，根据具体情况进行针对性治疗：
1. 妇科感染：如果有阴道炎、宫颈炎等妇科炎症，可能会引起分泌物异常，同房时可能会引起咖啡色白带排出。建议做白带常规检查和宫颈检查，确定妇科炎症，需要在医生指导下用甲硝唑栓、克霉唑栓等药物治疗。
2. 子宫肌瘤：如果有子宫肌瘤，可能会引起阴道不规律流血，容易出现月经干净三天同房后有咖啡色白带排出。建议做B超检查，确定子宫肌瘤可以通过宫腔镜手术治疗。
3. 宫颈癌：如果有宫颈癌，可能会引起同房出血。建议做组织病理检查，确定宫颈癌，需要通过手术治疗，如果癌细胞出现转移，可以配合化疗等。
